下描きとペン入れれイヤーを分けて描いてたつもりが統合してしまったしでも描き直したくない時の対処

下描きとペン入れはSai(どちらのレイヤーもアンチエイリアスばりばりについてる)→枠線とかトーン処理とかはPhotoshop(…に移してからはペン入れレイヤーはアンチエイリアス無し二階調)なのでこんな感じに、ってこれでわかるだろうか
説明できてる自信はないけど多少参考になりましたら幸いです